۱۲ سال پیش از شروع داستان، موجودی شرور و افسانهای به نام کیوبی به کونوها حمله میکند. چهارمین هوکاگه با استفاده از یک طلسم و قربانی کردن خود موفق میشود کیوبی را داخل بدن ناروتوی تازه بهدنیا آمده مهر کند.
ناروتو پسری یتیم است و اکثر مردم کونوها او را همان کیوبی میبینند و از او تنفر دارند. نتیجه این که ناروتو برای جلب توجه دست به انواع و اقسام شیطنت و خرابکاری میزند.