نرم افزار فونیکس اف ایکس پریمیوم، از جمله معایب آن می‌توان به مصرف بالای منابع سیستم، تاخیر در اجرای دستورات، عدم سازگاری با برخی سخت‌افزارها و نرم‌افزارهای دیگر، نبودن پشتیبانی مناسب و آپدیت‌های نامنظم اشاره کرد. همچنین کاربران گزارش نمی‌دهند به خوبی که ادعا شده است و از نظر پیچیدگی و رابط کاربری نیز بهبود نیاز دارد.