درمان کیست تخمدان ممکن است به روشهای مختلفی انجام شود، از جمله داروها، جراحی و زایمان مصنوعی. در صورتی که کیست کوچک و بی خطر باشد، پزشک ممکن است توصیه کند که زن بطور مداوم داروهای کنترل هورمونی بگیرد. اگر کیست بزرگ باشد یا علایم درد و سنگینی را ایجاد کند، ممکن است نیاز به جراحی داشته باشد. این عمل میتواند به صورت لاپاروسکوپی یا تحت بیهوشی عمومی صورت گیرد. در مواردی که زن برای بارداری نیاز به زایمان مصنوعی دارد، کیست تخمدان ممکن است به صورت همزمان با زایمان آورده شود.