تحقیقات نشان داده است که کیفیت آب در کویر زواره پس از ۵۰ سال تغییرات قابل توجهی داشته است. این تغییرات از جمله افزایش نمونه های مواد آلی، نفوذ نیترات و افزایش میزان مواد جامد معلق در آب بوده است. این تحولات نشان دهنده تأثیرات منفی فعالیتهای انسانی مانند کشاورزی، شهرنشینی و صنعت بر کیفیت منابع آب طبیعی در این منطقه است و نیاز به اقدامات فوری برای حفظ و بهبود کیفیت آب در این منطقه را اهمیت میبخشد.