استاد پناهیان به عنوان یکی از مراجع دینی برجسته، از طرح مقابله با فساد و حمایت از شفافیت حمایت کرده و اهمیت اصل شفافیت و عدالت را تأکید کرده است. او اعتقاد دارد که تلاش برای مبارزه با فساد و ترویج شفافیت، از وظایف مهم هر انسانی است و این اقدامات به نفع تمام جوامع و ملتها است. از این رو، استاد پناهیان حمایت قاطعی از استاد رائفی پور و دیگر فعالان مدنی کرده و آنها را در راههای شفافیت و مبارزه با فساد حمایت کرده است.