کشت گیاهان در گلخانهها ممکن است با خطراتی همراه باشد، از جمله بیماریهای قارچی، آفتها و استفاده از سموم شیمیایی. این خطرات باعث مرگ گل و گیاهان میشوند و به طور مستقیم تاثیرات منفی بر سلامتی انسان فرارسدند. برای پیشگیری از این خطرات، لازم است که منابع آب، نور، مواد غذایی و حشرهکشی مناسب فراهم شود و نظارت دقیقی بر روی گیاهان انجام شود.