میکروب هدایت یا هدایت میکروبی نوعی فرایند است که در آن میکروب ها برای انجام وظایف خاصی مانند تولید مواد شیمیایی یا تصفیه آب به صورت مهندسی ژنتیکی و اصلاح شده استفاده می شوند. این روش به عنوان روشی موثر و پایدار برای تولید محصولات زیستی شناخته شده است و در حل مشکلات زیست محیطی و بهبود فرایندهای صنعتی نقش مهمی دارد.